Accusé du meurtre de son fils trouvé pendu dans sa boutique toulousaine, Jean Calas, protestant de Toulouse, est roué vif le 20 mars 1762. Son fils cadet Pierre est banni du royaume. Sa femme, leur servante catholique, Jeanne Viguière, le jeune Alexandre-Pierre Gaubert de Lavaysse, avec lequel Marc-Antoine a passé sa dernière soirée en compagnie de Pierre, sont mis hors de cause. Les deux filles, Nanette et Rose sont enfermées par lettre de cachet dans deux couvents parisiens où elles subissent des pressions en vue de leur conversion.
Voltaire prend rapidement conscience du crime perpétué et y voit le souvenir de la Saint-Barthélemy. Il accumule les pièces sur la mort des Calas, refait l'enquête et publie en 1762 un Mémoire de Donat Calas et l'Innocence et Supplice de Jean Calas. Peu après, paraît de manière anonyme, le Traité sur la tolérance (Genève, 1763) dans lequel Voltaire attaque toutes les formes de fanatisme. Ce livre connaît dans toute l'Europe un grand retentissement. L'affaire trouve son épilogue le 9 mars 1765 avec la réhabilitation de Calas consécutive à la cassation de l'arrêt du Parlement de Toulouse.