Ouvrage unique en son genre, le Dictionnaire de Bayle repose sur une méthode rigoureuse dans l'établissement des faits par la critique des sources et sur un questionnement perpétuel, d'une insolence ingénue, à l'égard de toutes les idées reçues en philosophie et en théologie.
Bayle veut combler les lacunes des dictionnaires antérieurs et se donne pour mission de tout remettre en question, passant en revue tous les problèmes de morale, de théologie et d’exégèse, canalisant toute la libre pensée des siècles précédents. Il use de la forme biographique et de la disposition alphabétique du dictionnaire pour ouvrir l’espace intellectuel d’une encyclopédie, confondue avec le mouvement historique de la pensée. On y trouve un souci constant d'objectivité et de tolérance et un plaidoyer passionné pour « les droits sacrés de la conscience ». Cette œuvre connaît un énorme succès avec au moins dix éditions avant 1760. Voltaire y a beaucoup puisé, le lisant la plume à la main.